Le salarié malade doit prévenir l'employeur de son absence et lui adresser un certificat médical. À défaut, l'employeur est en droit de le sanctionner pour absence injustifiée. Par ailleurs, durant la maladie, le salarié reste soumis à l'obligation de loyauté, ce qui lui interdit notamment d'exercer une activité rémunérée.

En contrepartie des indemnités journalières qui lui sont versées par la sécurité sociale, le salarié malade est soumis à un certain nombre d'obligations vis-à-vis de la CPAM. Leur méconnaissance peut entraîner le remboursement des indemnités.

La maladie entraîne pour l'employeur de multiples obligations, tant pendant l'arrêt de travail, en indemnisant le salarié malade, qu'à son terme, en organisant, le cas échéant, une visite de reprise. Mais il a aussi des droits, dont celui d'organiser une contre-visite médicale afin de s'assurer de la réalité de la maladie.

L'absence pour maladie justifiée en temps utile entraîne une suspension du contrat de travail. Cette période de suspension a de nombreuses incidences sur la gestion du personnel.

La maladie peut avoir des incidences quand elle se produit alors que des élections professionnelles vont avoir lieu. Elle a aussi des conséquences spécifiques si c'est un représentant du personnel qui est absent. Enfin, l'employeur doit, en cas de grève, vérifier si le salarié malade est gréviste.

Pour assurer le remplacement de la personne malade pendant son absence, l'employeur peut faire appel à des salariés de l'entreprise, recruter un salarié en contrat à durée déterminée, ou encore avoir recours à un intérimaire.

La maladie du salarié, justifiée en temps utile, n'est pas en soi un motif de licenciement. Mais les conséquences de la maladie sur le fonctionnement de l'entreprise peuvent justifier un licenciement.

Les salariés perçoivent, sous certaines conditions, des indemnités journalières de sécurité sociale qui compensent pour partie la perte de salaire due par leur arrêt de travail.

Après un mois de travail, le salarié peut, sous certaines conditions, être remboursé des soins occasionnés par une maladie.

L'employeur peut avoir à indemniser le salarié en arrêt maladie si celui-ci remplit certaines conditions, en application du code du travail ou de la convention collective si elle est plus favorable.

À l'occasion de tout examen médical, le médecin du travail peut se prononcer sur l'aptitude du salarié à son poste et, le cas échéant, le déclarer inapte. Pour être valable et produire tous ses effets juridiques, la déclaration d'inaptitude doit faire l'objet d'une procédure relativement exigeante.

Suite à une maladie ou à un accident, professionnels ou non, un salarié peut devenir inapte à occuper ses fonctions habituelles. Dans ce cas, l'employeur est tenu de prendre l'initiative, en se conformant aux recommandations du médecin du travail, de la recherche d'un poste de reclassement.

Si l'employeur est tenu de respecter à l'égard, des salariés en CDD déclarés inaptes par le médecin du travail, l'obligation de reclassement applicable aux salariés en CDI, les règles relatives à la rupture du contrat divergent.

Si l'employeur n'a pas pu reclasser un salarié déclaré inapte, il peut le licencier. En principe, il suit la procédure « classique » du licenciement individuel. L'indemnisation du salarié diffère selon que son inaptitude a pour origine, ou non, un accident du travail ou une maladie professionnelle.

Après une absence pour maladie ou accident professionnels ou non, le salarié peut reprendre temporairement son travail dans le cadre d'un temps partiel thérapeutique. Forme d'aptitude partielle, cette mesure est destinée à favoriser la guérison complète du salarié.