L'URSSAF dispose de trois modes de contrôle de l'entreprise : le contrôle sur place (le plus exhaustif), le contrôle sur pièces (un contrôle « allégé » des petites entreprises) et la vérification des déclarations des employeurs.

La mise en oeuvre d'un contrôle peut relever de l'initiative de l'URSSAF, ou d'un signalement d'une autre administration ou de salariés de l'entreprise, ou faire suite à une procédure de vérification.

Les URSSAF sont autorisées à vérifier les déclarations des entreprises et à les redresser lorsqu'elles constatent des anomalies dans leurs déclarations sociales.

Mené par un corps de contrôle spécifique spécialement formé, le contrôle sur pièces - plus léger que le contrôle sur place - est réservé aux petites entreprises.

Les inspecteurs du recouvrement sont autorisés à contrôler les employeurs, les travailleurs indépendants, le comité d'entreprise et les particuliers lorsqu'ils sont employeurs.

Les inspecteurs du recouvrement sont chargés non seulement de vérifier la conformité des pratiques de l'entreprise à la législation, mais aussi de leur prodiguer tous les conseils et informations utiles.

Liés essentiellement à la complexité des dispositifs, les contrôles URSSAF aboutissent à un redressement de cotisations du fait de la mauvaise application de la législation. Avec en tête : les redressements liés aux exonérations de cotisations.

Lors d'un contrôle sur place, l'URSSAF vérifie l'assiette, le taux et le calcul des cotisations dont elle assure le recouvrement, ainsi que les conditions d'assujettissement au régime général des collaborateurs de l'entreprise.

À l'occasion du contrôle sur place, l'URSSAF contrôle les cotisations non prescrites, sans pouvoir revenir sur une période déjà contrôlée, ni sur une pratique acceptée lors d'un précédent contrôle.

Le contrôle débute par un avis de passage qui autorise les inspecteurs du recouvrement à mener, au moins quinze jours après, leurs investigations (audition des salariés, consultation des documents). Il peut déboucher sur l'établissement d'un redressement de cotisations et le calcul de majorations de retard.

L'employeur qui s'oppose à un contrôle de l'URSSAF commet le délit « d'obstacle à contrôle », pénalement sanctionné.

À l'issue de ses investigations, l'inspecteur du recouvrement formule ses observations à l'employeur, qui est invité à y répondre dans le mois.

La mise en demeure est une invitation impérative adressée à l'employeur à régulariser sa situation dans le mois.

Les URSSAF procèdent généralement au recouvrement des cotisations par voie de contrainte, car il s'agit d'une procédure rapide et simple.

Avant de contester en justice un redressement de cotisations, l'employeur doit saisir la commission de recours amiable de l'URSSAF. Il peut aussi solliciter la remise ou la réduction des majorations de retard et pénalités, et demander des délais de paiement

Un employeur qui estime injustifié un redressement de cotisations peut porter son différend avec l'URSSAF devant le tribunal des affaires de sécurité sociale et, le cas échéant, la cour d'appel et la Cour de cassation.

En même temps qu'ils contrôlent les cotisations « URSSAF », les inspecteurs du recouvrement et les agents de contrôle vérifient aussi les cotisations d'assurance chômage. Mené en parallèle, le contrôle des cotisations d'assurance chômage obéit au même formalisme, mais subsistent toutefois certaines spécificités au contrôle des cotisations d'assurance chômage.

Lorsque l'URSSAF envisage de redresser un employeur, celui-ci peut soulever un certain nombre de moyens pour y faire échec : décision de rescrit, décision implicite ou explicite antérieure de l'URSSAF, circulaire ministérielle opposable, décision d'arbitrage de l'ACOSS, voire toute irrégularité dans la procédure du contrôle.

L'URSSAF participe à la lutte contre le travail dissimulé.Celui-ci est de plus en plus lourdement sanctionné.